曹慧芬

-学历学位


姓名:曹慧芬(生物信息学博士)

职称:副教授

电子邮箱: hfcao@hqu.edu.cn

联系电话: 18650126853





-研究方向


1)高精度的DNA损伤方法的开发,利用人工智能研究其在哺育动物衰老、癌症等疾病中功能;

2)利用系统生物学方法研究lncRNA分子功能


-教育背景

2011/092016/12,北京师范大学,生命科学学院,生物信息学博士 (导师林魁教授)

2007/082011/06,兰州大学, 数学与统计学院,学士


-工作经历

20241-至今,bwin必赢,副教授

20171-202312月,bwin必赢,讲师(硕士生导师)


-科研项目

主持:

1. 国家青年科学基金项目,32000476,拓扑异构酶抑制剂诱导的癌细胞DNA断裂介导基因表达调控机理的研究,2020-2023,24万元,在研,主持

2. 华侨大学中青年项目,ZQN-922,人类基因组中与年龄相关的DNA损伤特征研究,2021-2025,40万元,在研,主持

3. 厦门市青年创新项目,3502Z20206015,拓扑异构酶抑制剂诱导人类癌细胞DNA断裂介导基因表达调控机制的研究,2020-2023,15万,在研,主持

4. 福建省面上项目,2018J01050,极长非编码RNA的功能注释平台的构建,2018-2021,4万,结项,主持

参与:

5. 国家自然科学基金面上项目, 32170619, 衰老相关的人和小鼠全基因组核苷酸水平SSB和AP损伤机理研究——基于DNA损伤检测SSiNGLe方法的拓展和应用,2022-2025,58万元, 在研,排名第二

6. 福建省重点项目,2020J02006,参与抗癌药物作用及耐药性的vlincRNA调控网络研究,40万元,在研,参与

7. 国家自然科学基金面上项目,31770882,基于核酶剪切产物的特异性应用Helicos DRS测序技术发现新核酶的研究,2018-2021,58万元,结项,排名第二

8. 国家自然科学基金面上项目,31171235,整合RNA-Seq分析的植物基因组注释系统研究--以黄瓜属近缘基因组进化分析为例,2011-2016,60万元,结项,参与

-论文成果

已发表SCI论文17篇,专著1篇,专利2第一、共同第一作者或共同通讯作者发表论文10篇,总影响因子超过100,包含3CNS子刊、3SCI一区top2SCI二区和2SCI三区文章(#为共同第一作者,*为通讯作者):

1. Cai Y, Cao H*, Wang F, Zhang Y, Kapranov P* (2022) Complex genomic patterns of abasic sites in mammalian DNA revealed by a high-resolution SSiNGLe-AP method. Nature Communications 13: 5868 (共同通讯,Nature子刊,IF 17,期刊生物方法学领域亮点文章)

2. Cao H#, Salazar-Garcia L#, Gao F, Wahlestedt T, Wu CL, Han X, Cai Y, Xu D, Wang F, Tang L, Ricciardi N, Cai D, Wang H, Chin MPS, Timmons JA, Wahlestedt C*, Kapranov P* (2019) Novel approach reveals genomic landscapes of single-strand DNA breaks with nucleotide resolution in human cells. Nature Communications 10: 5799 (Nature子刊,IF 17,期刊当月亮点文章、仅一周时间就跻身生命科学领域2019年热文榜五十佳)

3. Cao H#, Deng B#, Song T, Lian J, Xia L, Chu X, Zhang Y, Yang F, Wang C, Cai Y, Diao Y, Kapranov P* (2024) Genome-wide profiles of DNA damage represent highly accurate predictors of mammalian age. Aging Cell:00:e14244 (SCI一区TopIF7.8)

4. Cao H, Wahlestedt C*, Kapranov P* (2018) Strategies to Annotate and Characterize Long Noncoding RNAs: Advantages and Pitfalls. Trends in Genetics 34: 704-721 (Cell子刊,IF 11)

5. Liu X#, Liu Y#, Huang P#, Ma Y#, Qing Z#, Tang Q#, Cao H#, Cheng P, Zheng Y, Yuan Z, Zhou Y, Liu J, Tang Z, Zhuo Y, Zhang Y, Yu L, Huang J, Yang P, Peng Q, Zhang J*, Huang S*. (2017) The Genome of Medicinal Plant Macleaya cordata Provides New Insights into Benzylisoquinoline Alkaloids Metabolism. Molecular Plant 10: 975-989 (共同一作,SCI 一区topIF 24,首个罂粟科植物基因组,该工作受到邓兴旺院士的高度评价)

6. Cao H, Xu D, Cai Y, Han X, Tang L, Gao F, Qi Y, Cai D, Wang H, Ri M, Antonets D, Vyatkin Y, Chen Y, You X, Wang F, Nicolas E, Kapranov P* (2021) Very long intergenic non-coding (vlinc) RNAs directly regulate multiple genes in cis and trans. BMC Biology 19: 108 (SCI 一区TopIF 7.4)

7. Wang F#, Cao H #*, Qiu Xia1#, Gao F, Kapranov P* (2023), Lessons from Discovery of True ADAR RNA Editing Sites in a Human Cell Line, BMC Biology 21:60 (SCI 二区,IF 5.4共同一作、共同通讯)

8. Cao H, Kapranov P* (2022) Methods to Analyze the Non-Coding RNA Interactome-Recent Advances and Challenges. Frontiers in Genetics 13: 857759 (SCI三区, IF 4)

9. Cao H, Zhang Y, Cai Y, Tang L, Gao F, Xu D, Kapranov P* (2022) Hotspots of single-strand DNA "breakome" are enriched at transcriptional start sites of genes. Frontiers in Molecular Biosciences 9: 895795 (SCI三区, IF 6)

10. Cao H, Pang E, Lin K* (2016) Hierarchical Map of Orthologous Genomic Regions Reconstructed from Two Closely Related Genomes: Cucumber Case Study. The Plant Genome 9(3) (SCI二区top, IF 4)

11. Chen Y#, Qi F#*, Gao F, Cao H, Xu D, Salehi-Ashtiani K, Kapranov P* (2021) Hovlinc is a recently evolved class of ribozyme found in human lncRNA. Nature Chemical Biology 17: 601-607 (Nature子刊,IF 17)

12. Lai Y, Yeung CK, Omland K, Pang E, Hao Y, Liao B, Cao H, Zhang B, Yeh C, Hung C, Hung H, Yang M, Liang W, Hsu Y, Yao C, Dong L, Lin K, Li S (2019) Standing genetic variation as the predominant source for adaptation of a songbird. Proc Natl Acad Sci USA 116: 2152-2157 (PNAS, SCI 一区topIF 12)


-专著和专利

1. Pang, E, Cao, H, Zhang, B, Lin K, 2015, Crop Genome Annotation: The Brassica rapa Genome. In Wang, XiaoWu; Kole, Chittaranjan. The Brassica rapa Genome,Springer, New York. p. 53–63.

2. 一种检测全基因组的单链DNA损伤的方法,CN201810561048.8,中国(排名第二)。

3. 一种检测DNA中单链断裂的方法,CN201910837092.1,中国(排名第二)。

-教学经验

本科教学:生物统计学(连续6年教学经验)

生物信息学(连续3年教学经验)、

流行病学与循证医学(连续2年教学经验)

研究生教学:生物信息学编程基础(连续2年教学经验)

-获奖情况

华侨大学2022年青年教师精彩一堂课理工组三等奖

    bwin必赢2022年青年教授精彩一堂课一等奖

    bwin必赢2020年青年教授精彩一堂课二等奖

  bwin必赢2019年青年教授精彩一堂课二等奖

    福建省首届研究生建模比赛(2022年)优秀奖(指导老师)


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